長期優良住宅とすることで、購入または新築する住宅を長期にわたり良好な状態で使用できることがメリットであるのは言うまでもありません。もちろん、予定通り、またその時の建物の状態等に応じて適宜、適切に対処（維持管理）していくことが前提であるのは言うまでもありません。
上記以外のメリットとしては、減税効果です。一般の住宅と比べて住宅ローン減税や登録免許税・固定資産税などの軽減効果が大きく、金銭的なメリットがあると言えるでしょう。但し、建築コストがあがったり手続きにかかる費用が生じたりすることもあるため、総合的な判断が必要とも言えます。
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所得税の住宅ローン控除
居住開始年が平成２５年であれば、控除対象限度額が一般住宅なら２，０００万円のところ、長期優良住宅なら３，０００万円となります。１０年間の最大控除額は一般住宅なら２００万円のところ、長期優良住宅なら３００万円となります。
所得税の投資型減税
標準的な性能強化費用相当額（上限５００万円）の １０％相当額を、その年の所得税額から控除できます。また、控除額がその年の所得税額を超える場合は翌年に控除できます。
登録免許税
所有権の移転登記・保存登記の登録免許税が軽減されます。
不動産取得税
一般住宅であれば１，２００万円の控除ですが、長期優良住宅であれば１，３００万円の控除となります。
固定資産税
固定資産税は、一般住宅であっても１／２に軽減されているのですが、軽減期間が３年のところを５年となります（一戸建ての場合）。マンションであれば、５年のところが７年となります。
また、フラット３５S（住宅ローン）において金利優遇を受けられるメリットもあります。
